首先，巧克力囊肿得看看大小，如果巧克力囊肿特别大，并且症状很明显，短时间内未曾生育，必须马上手术，因为巧克力囊肿影响生育的。要是痛经不是很明显，短时间内没有生育要求，也可以用药物来治疗。巧克力囊肿最根本的治疗方法还是手术会更好一些。
巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位形成的囊肿，临床表现常有痛经、排卵痛、月经不调等表现。根据囊肿的大小、临床表现以及短期内是否有妊娠意愿，来选择治疗方法。如果囊肿＜5cm、痛经不明显，在备孕期可以积极试孕3-6个月，如果受孕成功，妊娠是治疗巧克力囊肿较好的一种方法，术后鼓励长时间喂奶。
巧克力囊肿怎么治疗
如果3-6个月未成功，先行输卵管造影明确输卵管是否通畅，如果输卵管不通，做巧克力囊肿剥除的同时，做输卵管疏通，以利于治疗后积极备孕。如果囊肿＞5cm、没有生育要求，可以行腹腔镜下巧克力囊肿剥除，根据术中盆腔低位子宫内膜异位灶的病变程度来决定是否需要加用术治疗，口服避孕药，或者人为闭经的方法来调理。
患有巧克力囊肿是影响正常受孕的，有40%不孕的可能，不过很多患者也是可以正常怀孕的。导致不孕症的原因和囊肿的大小以及粘连的程度有关系，巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一种，多数为一侧卵巢，也有双侧卵巢同时发病。
巧克力囊肿影响怀孕吗
如巧克力囊肿发生破裂，囊内所含的陈旧性经血会向腹腔扩散，严重影响生育功能。囊肿破裂后会引起剧烈腹痛，不及时处理会造成弥漫性腹膜炎，对生命造成威胁。对于巧克力囊肿造成的严重盆腔器官粘连，可选择手术进行治疗，手术分为保守性手术和半保守性手术。
保守性手术保留子宫，清除病灶；半保守性手术保留卵巢功能，控制疼痛。巧克力囊肿也可用中医进行治疗，通常以活血化瘀、消积行气为治疗原则。
巧克力囊肿如果没有症状，没有影响，怀孕的情况下不算严重。如果一名妇女有了巧克力囊肿，痛经的症状非常严重，渐进性加重，有可能会导致月经不正常，严重的情况下会导致不孕不育，这种情况就比较严重了。
巧克力囊肿严重吗
这种情况也就是子宫内膜异位症，异位在卵巢就形成囊液如巧克力液一样，所以，叫巧克力囊肿。如果手术治疗，很容易伤害卵巢功能，影响正常怀孕。
近年来治疗巧克力囊肿的最简单有效的方法是，无痛可视针吸抽液治疗法，也就是把巧克力液抽出来注入硬化剂进行治疗。
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